Embriyo transferi 5 dakika ile 10 dakika civarında süren, oldukça kısa ve basit bir işlemdir. Ağrı ve rahatsızlık meydana getirmediğinden dolayı, transfer esnasında anne adayına anestezi uygulanmaz. Bu sebepten dolayı da, işlemin tamamlanmasının ardından, 1 veya 2 saat sonra anne adayı hastaneden taburcu edilir.
Tüp bebek esnasında, döllenmeyi takip eden 2. veya 5. Gün transfer işlemi gerçekleştirilir. Transfer esnasında, embriyolar genellikle 4 ile 8 hücreye sahip olur.
Hasta, muayene pozisyonuna alınır ve spekulum yerleştirilir. Rahim ağzının, özel hazırlanmış sıvılar ile temizlenmesi sağlanır. Daha sonra, embriyologların tek tek inceleyerek seçtiği embriyolar, kateter olarak ifade edilen bir alet sayesinde, anne adayının rahimine transfer edilir. Transferi sağlanacak olan embriyonun miktarı, çeşitli durumlara göre farklılık göstermektedir. Ancak yeterli sayıdan daha çok transfer edilen embriyolar, çoğul gebeliklere sebep olabilir. 30 yaş grubunda bulunan hastalarda, az sayıda kaliteli embriyo ile sağlıklı hamileliklerin elde edilmesi gerçekleştirilebilir. Ancak yaşı ilerlemiş olan adaylarda, embriyo kalitesi düşük olacağından dolayı, transfer edilecek embriyo miktarı da daha fazla olur. Embriyo tabakasının kalın olması halinde, lazer yardımı ile tabaka inceltilir ve daha sonra transfer işlemi sağlanır.
Daha çok, hormon ilaçları hastaya reçete ile verilerek, kullanım şekli ve dozu tarif edilir. Bu tarz ilaçların dışında, vitamin ilaçları da ihtiyaç duyulması halinde verilmektedir. Ancak verilen bu ilaçların düzenli bir şekilde kullanılması gerekmektedir.
Embriyo transferini takip eden 12. Gün, kanda hamilelik testi yapılır. Hastanın kullanması gereken ilaçlar, adetin gecikmesine sebep olabilmektedir. Bu nedenden dolayı, adetin gecikmesi halinde illa hamilelik oluşacak diye bir kaide yoktur.
Kanda yapılan hamilelik testi sonucunda, hamileliğe rastlanılmış ise, bunu takip eden 10 gün içerisinde ultrason ile de hamilelik saptanır. Ultrason muayenesi esnasında hamilelik kesesi ve bebeğin 1 tane veya daha fazla olduğu tespit edilir. Ultrason muayeneleri esnasında, bazen birden fazla bebek görüldüğü halde, ilerleyen dönemlerde hamilelik kesesinin biri ortadan kaybolabilir. Bu sebepten dolayı, görülen bebek sayısında azalma ile karşılaşılabilir.
Bazı hastalar, çok az lekelenme ile karşılaşabilmektedir. Bu tamamen geçici bir durumdur. Bazı hastalarda ise, hafif ağrılar da meydana gelebilir. Ancak doktora danışmadan hiçbir şekilde ilaç kullanılmaması gerekir. Zaten mevcut olan ağrılar, bir müddet sonra kendiliğinden geçer.
Elde edilen kaliteli embriyoların içerisinden, rahime transfer edilenlerin haricinde, fazladan kalan embriyolar dondurularak, daha sonra yapılacak olan tüp bebek tedavilerinde kullanılmak üzere uygun koşullarda saklanır. Böylelikle yeniden tüp bebek uygulaması yapılmasına ihtiyaç duyulacağı zaman, yumurta oluşturma ve yumurta toplama evrelerinin yapılmasına gerek kalmadan, direkt olarak embriyo transferi gerçekleştirilebilir.
Cinsel ilişki aralığında doktorun önereceği süreye uyulması gerekmektedir. Daha çok, hamilelik testi yapılana dek, cinsel ilişkiye girmek yasaktır. Ancak hamilelik testinde, hamilelik görülüyor ise, aynı şekilde doktor izin vereceği süreye dek cinsel ilişkiye girilmesi yasaktır. Hamilelik döneminin normal bir şekilde ilerlemesi halinde, bebek 2 3 aylık olduktan sonra, cinsel ilişkide yasak ortadan kalkar.