CGH kadına ait yumurtalıklarda meydana gelen genetik veya kromozal bozuklukların teşhis edilmesini ve sağlıklı yumurtaların ayrıştırılması ile dondurularak yumurtaların saklandığı bir yöntemdir. Özel işlemlerle dondurulan bu yumurtalar ihtiyaç halinde çözülerek, tüp bebek tedavi yöntemlerinde kullanılmaktadır. Yapılan bu işlemle hamilelik şansı klasik tüp bebek tedavilerine oranla %70 ile %80 arasında artmaktadır.
Ayrıca CGH yöntemi ile Down Sendromu gibi kromozal anormalliklerden kaynaklanan hastalıkları da tespit edebilmektedir. Yurt dışında son birkaç yıldır uygulanan bu yöntem, ülkemizde de bazı merkezler tarafından uygulanmaya başlamıştır. PGD yöntemi ile genetik ve kromozomal yapılar incelenerek, sağlıklı bir tüp bebek tedavi süreci desteklenirken, CGH yöntemi ile bu genetik geçişli anomaliler daha ayrıntılı bir şekilde incelenmektedir. Bu sayede genetik kusurlar ekarte edilerek, sağlıklı çocuklar dünyaya getirilmektedir.
aCGH tekniğinin olmadığı yıllarda hastalara klasik kromozom testleri yapılarak elde edilen analiz sonuçlarına göre tanı konulabilmekteydi. Ancak analiz sonuçlarına göre bazı durumlarda tanı sıkıntısı yaşanırken, tanısı konamayan yapısal anormalliğin kromozom bozukluğu mu, yoksa DNA geçişli tek gen hastalığı mı olduğu konusunda ciddi belirsizlik sorunu tedavi sürecini etkilemekteydi.
Fakat CGH yöntemi geliştirilen aCGH tekniği ile daha detaylı ve hassas bir inceleme imkanı sayesinde küçük yapısal kromozal bozuklukların tanısını koyabilme şansı ciddi bir oranda artmıştır. Bunun dışında tüm genom sekanslaması önerilen hastaların teşhisinde aCGH tekniği önemli bir yere sahiptir. Analizleri normal düzeylerde çıkan ve tanısı konulamamış bütün vakalarda genom sekanslamasına geçilmesi önerilmektedir.