Endometriozis rahmin iç katmanını çevreleyen ve adet kanamasının yaşanmasını sağlayan endometrium, adet sonrası süreçte 3–5 mm kalınlığa sahiptir. Endometrium adet döngüsü sırasında salgıladığı hormonlar sayesinde kalınlaşmaktadır. Adet dönemi öncesi 9–15 mm kalınlıktadır. Yumurtalıktan salınan yumurta sperm ile aşılanırsa 5–6 gün içerisinde embriyo rahme gider. Burada hazırlanan rahimde büyür ve gelişimini sağlar.
Şayet yumurta sperm tarafından aşılanmamışsa ise kalınlaşmış olan rahim içi katman bir miktar kanla beraber vajinadan atılmaktır.
Endometrium hücrelerinin yumurtalıklara yerleşmesi ve meydana gelen kanamaların overda yani yumurtalıkta birikmesi ve kisti oluşturması çikolata kisti şeklinde tanımlanır. Bu kistin içinde bir sıvı birikir. Bu sıvı çoğunlukla kahverengidir. Bu sebeple de benzerliğinden ötürü çikolata kisti denilmektedir.
Genellikle sol ya da sağ yumurtalığın birinde gelişir. Oldukça ender şekilde her iki yumurtalıkta da görülebilir. Bu kistler kansere yol açmaz. Habis kistlerdir. Oldukça nadir olarak kansere sebep olabilir. Genellikle 4-5 cm boyutundadır. Ancak kimi zaman 15 cm’e kadar ulaşabilirler.
Endometriozis (çikolata kisti) ya da endometrioma sorunu olan kişiler, genellikle şiddetli olarak ağrı yaşadıkları adet dönemleri geçirirler. Cinsel ilişki sırasında ve sonrasında ağrı duyarlar. Bunların dışında kronik pelvik ya da bel ağrılarından şikayetçi olurlar. Endometriozis yani çikolata kisti için kesin olarak bir sebep, günümüzde halen bulunamamıştır. Bu sebeple kesin olarak çikolata kistine hangi sorunun yol açtığı bilinmemektedir. Bu sebeple çikolata kistine ‘’teoriler hastalığı’’ da denilmektedir. Bunun dışında çikolata kistine yol açan faktörlerden bir tanesi olarak da; adet kanaması aşamasında kanın geriye akması ve bu aşamada adet kanının içinde yer alan endometrium adı verilen hücrelerinin yumurtalığa tutunması neticesinde geliştiği yönündedir.
Özellikle jinekolojik (vajinal ultrason ya da transvajinal ultrason) ultrasondaki tipik görüntüsü ile oldukça kolay bir şekilde teşhis edilebilen çikolata kisti için koyulan tanılar %100’e yakın bir doğruluk gösterir.